探针设计原则(taqman探针设计原则)

引物设计和探针设计的异同是什么?

1、引物是用来扩增片段用的，而探针，探针上面有荧光基团，完整时检测不到荧光，与两引物之间的目的基因结合，PCR扩增过程中，探针被切断，可以检测到荧光。

2、探针和引物的区别：两者的用途不同：引物设计的用途：用于PCR扩增技术。探针设计的用途：用于标记待定的核苷酸片断，用与特异性地、定量地检测核酸的量。

3、如果你做的事荧光定量PCR，其引物和一般引物在构成上是没有什么区别的，只是要更加注意引物二聚体、PCR产物大小等问题。

荧光探针的化学性质

荧光定量PCR所使用的荧光化学制剂可分为两种：荧光探针和荧光染料。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。

荧光探针通常由识别位点的分子、发色团或荧光团，以及两者之间的通信机制构成。

由于荧光探针的荧光淬灭效应，即荧光探针在与被测物发生化学反应时，荧光探针的荧光性质发生变化，导致荧光减弱。光探针是一种能发生荧光的物质，分别反应型和配位型两种，可用于检测或定位某些物质。

生物基因工程探针怎么制作出来的?

1、寡核苷酸探针是人工合成的，与已知基因DNA互补的，长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量，也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列，并用化学方法合成。

2、探针是一小段单链DNA或者RNA片段（大约是20到500bp），用于检测与其互补的核酸序列，探针是经过标记的。

3、检测方法是：采用DNA分子杂交技术。先将转基因生物的基因组提取出来；把目的基因的DNA片段用放射性同位素作标记做成探针；使探针与基因组DNA杂交，如果出现杂交带，就表明目的基因已插入染色体DNA中。

4、探针是根据某种特异性的物质的特性，能专一地与具有特定特征的对像识别；DNA探针是将用放射性同位素、或者荧光分子标记的DNA做成探针，利用DNA分子杂交原理，鉴定被检测标本上的遗传信息，达到检测疾病的目的。

5、比如基因工程应用于环境监测，可以用DNA探针检测饮用水病毒的含量。具体方法：用一个特定的DNA片段制成探针，与被测的病毒DNA杂交，从而把病毒检测出来。与传统方法相比具有快速、灵敏的特点。

6、另外，这个探针也可以用来做DNA-DNA分子杂交，即检测目的基因是否导入，方法：先取出受体细胞中DNA然后高温变性成单链，把探针放进去，然后降温复性，如果形成杂交带说明，这些DNA中有能和探针互补的DNA片段，即目的基因。

什么是基因探针,用途是什么?

基因探针是一种基因型的快速判断方法，分子探针既然已经有了想要检测的基因片段，甚至是精确到基因片段中的某个易发生突变的位点，那么如何才能快速地判断该片段或者该点的基因型呢。那就是分子探针技术。

基因探针可用于检测病毒，基因定位等多个方面。

DNA探针，一般是带有标记基因的DNA链，它和待检的DNA链结合来检测某些基因的存在，用在医学上可以检测基因遗传病（原理简单，就像拼图一样）。

基因探针，即核酸探针，是一段带有检测标记，且顺序已知的，与目的基因互补的核酸序列（DNA或RNA）。基因探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。

引物设计的用途：用于PCR扩增技术。探针设计的用途：用于标记待定的核苷酸片断，用与特异性地、定量地检测核酸的量。

基因探针，即核酸探针，是一段带有检测标记，且顺序已知的，与目的基因互补的核酸序列（DNA或RNA）。根据杂交原理，作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件：①应是单链，若为双链，必须先行变性处理。

如何设计sybrgreen法荧光定量pcr引物

1、利用 NCBI 数据库，查询基因的序列。登录 NCBI 官方主页： http：//。在栏目项中选择“Gene”，关键词输入“IL6 homo”，具体如下所示，点击“Search”。

2、先选择好探针，然后设计引物使其尽可能的靠近于探针。2， 扩增子的长度应不超过400bp，理想的最好能在100－150bp内，扩增片断约短，有效的扩增反应就越容易获得。

3、荧光定量PCR　实验步骤： ①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。

4、检测方法SYBRGreenⅠ法：在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。

5、引物整体设计自由能分布5‘端大于3’端，且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。1做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp.1引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。

6、嵌合荧光染料法（SYBR GreenⅠ）SYBR Green I是荧光定量PCR最常用的DNA结合染料，与双链DNA非特异性结合。在游离状态下，SYBR Green I发出微弱的荧光，但一旦与双链DNA结合，其荧光增加1000倍。

如何设计荧光定量PCR的引物及TaqMan探针

Taqman探针应靠近上游引物，即Taqman探针应靠近与其在同一条链上的上游引物。两者的距离最好是探针的5端离上游引物的3有一个碱基，但也可以重叠，要保证Taqman探针的5端离上游引物的5端至少有4bp。

引物设计的实质：一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

实时荧光Taqman 探针设计 总原则：探针选择要保守，引物选择要保守，因此必须找一段100-200bp相对要保守的片段来设计引物与探针。即real-time PCR的扩增片段是50bp---150bp。

在DNA测序和PCR中最好用5末端稳定（GC含量多），而3端不稳定（AT含量多）的引物，这种引物的结构可以有效地消除假引发反应；1引物和产物之间的Tm值相差别太大，20摄氏度范围内最好。

参照以下real-time PCR引物设计原则：最好位于编码区5’端的300-400bp区域内，可以用DNAman，Alignment 软件看看结果。 产物不能形成二级结构（自由能小于561KJ/mol）。