在线引物设计(引物设计软件下载)

如何利用Primer6.0进行引物的设计?

引物的话还是尽量得分上85吧我觉得，不行的话就往目的片段两端走走。这么长的片段建议楼主选择强效高保真的酶，比如KOD plus，这是我们这里用过的最好的酶。不过价钱也是偏高的。

引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。这一步是比较重要的。

首先打开NCBI，选择“Nucleotide”，并在搜索框输入基因名。一般用目标基因的突变体1去设计引物，也就是要选择目标基因的“transcriptvariant1，mRNA”，没有1就用3，以此类推。

PCR引物设计的11条黄金法则引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。可以使用oligo6或者primer5等软件设计。

小鼠AZ1序列扩增引物怎么做?

避免互补序列：自身互补序列：引物自身不应有反向重复序列或3nt的自身互补序列，否则引物内部会自身折叠成发夹结构（Hairpin），使引物复性。这种二级结构会因空间位阻而影响其与待增靶序列杂交结合。

如扩增编码区域，引物3’端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第三位易发生简并，会影响扩增特异性与效率。引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。

确定启动子位置：首先需要确定目标基因的启动子位置，这可以通过基因组序列信息或者已知的启动子序列进行比对得到。设计引物：根据启动子的位置，设计一对引物，引物应该能够特异性地结合启动子区域的DNA序列。

以下是书写引物序列的步骤：选择引物位置：首先，需要选择待扩增dna序列中的位置，这个位置应该位于目标序列的两侧，以便于pcr扩增。确定引物长度：通常，引物的长度在18至30个碱基之间。

最重要的是引物设计，首先要弄清楚你要扩增基因的大小，如果特别的长，那就需要做拼接PCR，再有就是要设计特异性好的引物以防止非特异的出现，对于这一点可以去NCBI做PRIMER BLAST。

primer3.0在线设计引物-如何在Windows7系统中使用PrimerExpress3.0_百...

1、通过已有文献确认所需扩增序列的名字。从网上寻找该基因的全序列并存档，请确认序列引用页上“mRNA”标识。复制序列，将之粘贴至在线软件“Primer3”或“Primer5”上，设定参数，设计引物并存档。

2、首先得下载安装一个primer5的软件，网上百度搜索后即可下载获得 点击File下拉菜单，选择New，然后选择DNASequence 从word文件中copy目标序列，然后control+V到primer5的文本框中，选择Asis，点击OK。

3、在右边还有两个选项，AllPrimers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换。

4、之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会给出上下游序列。

引物设计的、软件有哪些?有什么优点和缺点?

这里简单说一下这三大设计软件的特点：Oligo：对引物的分析功能十分强大，包括引物发卡结构，引物二聚体，Tm值和非特异性结合等等都能进行全面的的分析，并能生成详细的报告。

优点：操作简单。缺点：不能保存分析结果。Primer0软件优点：操作简单、显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。缺点：不能保存分析结果，只能选择打印。

之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会给出上下游序列。

SnapGene是一款非常好用的日常分子生物学软件，可以提供最快和最简单的方式来计划、可视化和文档化的分子生物学方法，还可以进行多序列比对、自动引物设计、支持 Gibson Assembly、直接导入 Genbank 序列号等。

显然primer好，blast根本无法设计引，只是匹配良好而已。什么退火温度、结合效率等都无法控制。primer如果没有特异性好的引物你就放宽范围，试试。

缺点：平面设计师的工具，若不从事大量排版工作不建议UI学习使用。DW 优点： 网页设计工具，同事编写查看代码同时设计网页，嵌入flash，管理网站后台等，柯绘制图形。缺点：网页设计师，代码编辑使用。